水污染物總量控制方面，各設區(qū)市均已完成COD年度減排任務，完成較好的是泉州市、龍巖市，完成較差的是寧德市、三明市。

按照重點整治任務來看，飲用水源保護工作方面，基本完成“閩江、九龍江水環(huán)境整治與水源保護”辦實事項目任務240項，但永安尼葛工業(yè)園污水處理，龍巖、南平市垃圾焚燒發(fā)電等項目建設滯后；廈門汀溪水庫、漳州一水廠、莆田東圳水庫、南平安豐水廠、安溪城關水廠等水源保護區(qū)內(nèi)仍存在生產(chǎn)性和經(jīng)營性排污單位。

養(yǎng)殖業(yè)污染整治方面，漳州、龍巖等市完成較好；福州、三明、南平完成較差；閩侯、尤溪、延平禁養(yǎng)區(qū)還存在多家規(guī)?；B(yǎng)殖場，延平區(qū)還存在養(yǎng)殖業(yè)廢水跨界污染沙縣青州鎮(zhèn)飲用水源地等多項問題，被掛牌督辦。